Tên gọi khoa học (Prunus mume) bảo tồn cách phát âm cổ của người Nhật—có thể là nguyên bản—của "mme" (んめ), đã từng được viết là "mume" (むめ) do khi đó không có kana đặc biệt cho âm mũi đơn độc. Các từ ngữ Nhật Bản này, cũng như tên gọi trong tiếng Triều Tiên maesil (매실), có nguồn gốc từ cách phát âm của Hán ngữ Trung cổ cho ký tự 梅 (muəi).[5]

Về tên gọi tại Việt Nam, có một số ý kiến cho rằng "mơ" là dạng âm Hán Việt cổ của "mai" (Nguyễn Tài Cẩn, An Chi Võ Thiện Hoa). Ở vùng phía Đông Nam kinh thành Thăng Long có vùng Kẻ Mơ (thuộc quận Hoàng Mai, TP Hà Nội ngày nay) xưa trồng nhiều mơ, địa danh Hán Việt của một số nơi tại đây đều có chữ Mai (梅) như Bạch Mai, Hồng Mai, Tương Mai, Hoàng Mai, Mai Động...Hán Việt Từ điển của Thiều Chửu giải nghĩa thứ nhất của từ Mai (梅) như sau: Cây mơ, đầu xuân đã nở hoa, có hai thứ trắng và đỏ. Thứ trắng gọi là lục ngạc mai (綠萼梅), nở hết hoa rồi mới nẩy lá, quả chua, chín thì sắc vàng. Kinh Thư có câu Nhược tác hòa canh, nhĩ duy diêm mai (若作和羹，爾惟鹽梅) (bằng nấu canh ăn, bui dùng muối mơ). Nay gọi quan Tể tướng là Điều mai (調梅) hay Hòa mai (和梅) là bởi ý đó. Kinh Thi có thơ Phiếu mai (摽梅) nói sự trai gái lấy nhau cập thời, nay gọi con gái sắp đi lấy chồng là bởi cớ đó. Theo truyền thống, chữ 梅 trong văn bản chữ Hán nếu dùng để chỉ hoa thường được dịch là "mai" còn dùng để chỉ quả thường được dịch là "mơ" (Ví dụ: Vọng mai chỉ khát – Trông mơ đỡ khát).

Tuy nhiên tại Việt Nam có một số ý kiến cho rằng tên khoa học của cây mơ ở miền Bắc Việt Nam không phải là Prunus mume, có nghĩa chúng không phải là cây mai (méi, ume, maesil) tại Trung Quốc, Nhật Bản và Triều Tiên. GS Đỗ Tất Lợi, trong cuốn Những cây thuốc và vị thuốc Việt Nam (Nhà xuất bản.KHKT, Hà Nội, 1986) ghi chú cây mơ Việt Nam có tên khoa học là Prunus armeniaca L., đây là loài cây phổ biến ở châu Âu (tiếng Anh: Apricot; tiếng Pháp: Abricotier) và một số nước vùng Cận Đông (đặc biệt là Thổ Nhĩ Kỳ), ngoài ra cũng được trồng ở Trung Quốc và Nhật Bản nhưng không phổ biến như Prunus mume. Tên Hán Việt của loài cây này là "hạnh" (杏) hay "hạnh tử" (杏子), có lá, hoa và quả rất giống Prunus mume. An Chi Võ Thiện Hoa, trên Tạp chí Kiến thức ngày nay số 540, căn cứ vào cuốn Những cây thuốc và vị thuốc Việt Nam cũng cho rằng cây mơ ở Việt Nam có tên khoa học là Prunus armeniaca, do đó tên Hán Việt phải là "hạnh" (杏) chứ không phải là "mai" (梅). Lương Y Đinh Công Bảy - Tổng thư ký hội dược liệu TP Hồ Chí Minh, trong bài "Tìm hiểu cành Mai trong bài kệ của Mãn Giác Thiền sư" đăng trên trang giacngo.vn, cho rằng đây là một sự nhầm lẫn: "Ở miền Bắc, có một loại cây mà người ta thường gọi là mai, nhưng thực ra đó là cây mơ (Prunus mume Sieb et Zucc.). Loại cây này có lá, quả rất giống cây hạnh (Prunus armenica L.) nên người Pháp gọi lầm cây mơ là abricotier (hạnh). Cây hạnh có hai loại: một trồng để ăn quả tươi và một trồng để ăn hạt (hạnh nhân) hoặc làm thuốc. Còn mơ được trồng làm cây cảnh vì có hoa đẹp (màu trắng, màu hồng hoặc hồng nhạt), hương thơm, có thể trồng để ăn quả tươi, chế nước uống giải khát, ngâm rượu, ướp muối phơi khô để làm ô mai" [6]. Thực tế quả của hạnh (Apricot - Prunus armeniaca) có giá trị dinh dưỡng - y học và cách sử dụng khác quả của loài mơ (Japanese apricot - Prunus mume), chúng thường được dùng để ăn tươi, sấy khô hoặc lấy hạt dùng làm thuốc, Đông Y gọi là hạnh nhân. Hạt của loài hạnh ở một số nước Phương Tây được dùng làm thực phẩm tương tự như hạt cây hạnh đào (Prunus dulcis) hoặc được ép lấy dầu ăn, chúng có chứa chất Amygdalin, được cho rằng có tác đụng trong việc điều trị ung thư [7]. Trong khi quả của loài mơ do có vị chua nên thường được chế biến thành các các loại xi rô, rượu mùi, quả xông khói (ô mai) quả muối (bạch mai, umeboshi...), trong Đông Y thường được sử dụng để điều trị bệnh ho, đau bụng giun, phong thấp nôn mửa...[8]